Especialmente llamativa es su galería de oro y plata, con multitud de joyas y utensilios elaborados con estos dos metales nobles, con todo lujo de detalles y con una luz muy acertada para poder admirar cada obra. Otra sala, en un edificio anexo, está dedicada al erotismo, visto desde las propias culturas preincaicas, cuyas maneras hoy nos parecen algo escandalosas. Además, hay una sala dedicada al sincretismo, que es una mezcla entre las creencias indígenas y la tradición europea, configurando una especie de mezcla entre la cultura cristiana y los ritos andinos; como curiosidad podemos destacar el cuadro con la sucesión de los incas, incluyendo los andinos y añadiendo a los reyes españoles para dar continuidad al incanato, correspondiendo al actual Felipe VI el título de «XXXI Inca». También es interesante, por poco habitual, poder visitar los archivos del museo, donde se almacenan más de 4000 piezas fuera de exposición, y las salas donde se trabaja su conservación.